Pada awal pembentukannya dalam Kwarda Kaltim hanya terdapat 6 (enam) Kwartir Cabang, sesuai jumlah kabupaten dan kota yang terbentuk. Namun pada perkembangan terakhir, dengan kebijakan pemekaran wilayah maka Kwartir Cabang di Kalimantan Timur menjadi :
| No. | Kwartir Cabang | No. | Kwartir Cabang | |
| 01 | Paser | 06 | Kota Balikpapan | |
| 02 | Kutai Kartanegara | 07 | Kota Samarinda | |
| 03 | Berau | 08 | Kota Bontang | |
| 04 | Kutai Timur | 09 | Mahakam Ulu | |
| 05 | Penajam Paser Utara | 10 | Kutai Barat |